有機質肥料是以渣粕肥、禽畜糞肥、植物殘渣或動物殘渣等製成，依據發酵程度又可分為生肥(未發酵或未完全發酵)與熟肥(已醱酵之堆肥)兩種。依各肥料性狀，建議使用有機質較高、纖維較粗之醱酵肥，而追肥則使用肥效較高之渣粕肥或速效之液肥，不建議使用未醱酵之糞肥，未醱酵之糞肥除了使用後容易因其有機酸及產熱而傷根之外，也較有傳播疫病或附帶雜草種子等問題產生。
市面上流通的有機質肥料依其原料或製程之不同，大部分是5-01、5-09、5-10、5-11、5-12等幾個品目，各肥料皆有其對應的功效或使用方式，種植的時候還是要依據種植的作物，還有種植作物的地區來施用適當的肥料，才能有好的收穫。
生肥VS.熟肥
生肥
未發酵過的肥料，施灑於土壤時會再次發酵會產生熱能，建議施用生肥後，至少兩個星期以上再種植作物會比較安全。
熟肥
經發酵腐熟完全的肥料，熟肥在使用上才不因為腐熟過程產生的熱傷害到植物的根系。
有機肥常見的品目分類
主成分之全氮、全磷酐及全氧化鉀全量計低於15％時，登記為有機肥料類。
(一)植物渣粕肥料(品目編號5-01)
以一種或一種以上經壓榨或萃取油分後之植物渣粕（如大豆、花生、亞麻仁、米糠、菜籽…等），經混合調配而製成者。
(二)副產植物質肥料(品目編號5-02)
以植物質為原料之食品製造、飲料製造或中藥製造業等副產物或事業廢棄物，經混合調配而製成者。。
(三)魚廢渣肥料(品目編號5-03)
下雜魚、魚內臟或其他魚廢渣，以泥炭、動物質原料（如蝦殼、蟹殼…等）或植物質原料（如豆粉、花生殼…等）吸著，經混合調配而製成者。
(四)動物廢渣肥料(品目編號5-04)
以動物廢渣（如魚渣、肉渣、獸肉骨、羽毛、羊毛…等）為原料，經煮沸、蒸煮、壓榨、乾燥、粉碎等程序，經混合調配而製成者。
(五)副產動物質肥料(品目編號5-05)
動物質為原料之食品製造、製膠業等副產物或事業廢棄物，經混合調配而製成者。
(六)乾燥菌體肥料(品目編號5-06)(台灣業者無人申請)
食品及飲料業、酒類釀造配製業及啤酒製造業、農牧業，在廢水二級生物處理過程產生之生物性污泥，以及製糖業在製糖過程產生的濾泥，經加熱、醱酵腐熟、乾燥等程序，混合調配而製成者。
(七)氮質海鳥糞肥料(品目編號5-07)(台灣業者無人申請)
氮質海鳥糞肥料。
(八)禽畜糞加工肥料(品目編號5-08)(品目已刪除)
雞糞為主原料，得添加稻殼、木屑、菇類培植廢棄包之內容物、花生殼、蔗渣等調整材及植物渣粕、沸石、高嶺石等材料，經過高溫乾燥、造粒、維持70℃以上至少30分鐘等程序所製成者。
(九)禽畜糞堆肥(品目編號5-09)
以禽畜糞為主原料（50%以上），添加適量稻殼、木屑、菇類培植廢棄包之內容物、花生殼、蔗渣等調整材，經過翻堆、醱酵腐熟、調配成分、堆置風乾等程序所製成之堆肥。
(十)一般堆肥(品目編號5-10)
以植物殘株、稻殼、蒿稈、木屑、菇類培植廢棄包之內容物、花生殼、蔗渣、禽畜糞尿、植物渣粕、米糠等農業廢棄物原料，經過翻堆、醱酵腐熟、調配成分、堆置風乾等程序所製成之堆肥。
(十一)雜項堆肥(品目編號5-11)
以植物渣粕、動物廢渣、魚廢物、副產動物質、副產植物質、廚餘或事業廢棄物等為原料，經過翻堆、醱酵腐熟、調配成分、堆置風乾等程序所製成之堆肥。
(十二)混合有機質肥料(品目編號5-12)
植物渣粕肥料、副產植物質肥料、魚廢渣肥料、動物廢渣肥料、副產動物質肥料等二種或二種以上有機質肥料或有機質材料，經混合調配而製成者。
(十三)雜項有機質肥料(品目編號5-13)
各種有機質肥料或有機質材料，得添加化學肥料或礦物，經混合調配而製成者。
(十四)液態雜項有機質肥料(品目編號5-14)
各種有機質肥料或有機質材料，得添加化學肥料或礦物，經混合調配而製成者。
(十五)液態有機質肥料(品目編號5-15)
利用各種動物、植物之有機質材料，添加水，經醱酵作用，混合調配而製成者。
